AT3G19580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc-finger protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes zinc finger protein. mRNA levels are upregulated in response to ABA, high salt, and mild dessication. The protein is localized to the nucleus and acts as a transcriptional repressor. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
zinc-finger protein 2 (ZF2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: salt tolerance zinc finger (TAIR:AT1G27730.1); Has 3838 Blast hits to 3100 proteins in 116 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2857; Fungi - 6; Plants - 884; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6803293..6804114 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29797.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 273 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MALEAMNTPT SSFTRIETKE DLMNDAVFIE PWLKRKRSKR QRSHSPSSSS SSPPRSRPKS QNQDLTEEEY LALCLLMLAK DQPSQTRFHQ QSQSLTPPPE 101: SKNLPYKCNV CEKAFPSYQA LGGHKASHRI KPPTVISTTA DDSTAPTISI VAGEKHPIAA SGKIHECSIC HKVFPTGQAL GGHKRCHYEG NLGGGGGGGS 201: KSISHSGSVS STVSEERSHR GFIDLNLPAL PELSLHHNPI VDEEILSPLT GKKPLLLTDH DQVIKKEDLS LKI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)