AT3G18980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.815 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : EIN2 targeting protein1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
EIN2 targeting protein1 (ETP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), F-box associated domain, type 1 (InterPro:IPR006527), F-box associated interaction domain (InterPro:IPR017451); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: EIN2 targeting protein2 (TAIR:AT3G18910.1); Has 1009 Blast hits to 963 proteins in 16 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1009; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6546514..6547761 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47888.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 415 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTIPDLCNDL VDEILCRVPA RNLKRLRSTS KRWNRLFKDD RRFAREHMHK APKEYLPLML TSEYRICPVS INLQGDVPSV VLKRELSLPD PDYSHQFDIG 101: RVFHCDGLLV CNHVGKNPRY GSKIVVWNPL TGQTRWIEAG YRWKEYEVRF VLGYCYQQDE NNSCSKKIYK ILCFYPNGQD TEIYELNYSD RWTRTIPDGD 201: LTPGWTLIYS EQTVSMNGNL YLFASEKSKP HLGVSLLRFD FSTEKSSLCV TLPYQRPRYE ILSISAVRGG ENLSLLLQLD FESKTEIWVT NKIDDTTTKG 301: AAVSWTKVLA FDLSPDLQLF SEEVNFLLDE DKKVAVCCER WLEPQEHHRY QCRREYKITD KIYILGEDNK VDEVGSGEGE ATDSLEGISQ VILNYAPSLV 401: QIEQAGGGKT KRGDD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)