AT3G04290.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Li-tolerant lipase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Li-tolerant lipase 1 (LTL1); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on ester bonds, carboxylesterase activity; INVOLVED IN: lipid metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lipase, GDSL (InterPro:IPR001087), Esterase, SGNH hydrolase-type (InterPro:IPR013830); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein (TAIR:AT5G33370.1); Has 3364 Blast hits to 3325 proteins in 174 species: Archae - 0; Bacteria - 234; Metazoa - 0; Fungi - 3; Plants - 3111; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 16 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1133620..1136223 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40151.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 366 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNINCSPLGF LISLFFIVTF LAPQVKSRAF FVFGDSLVDN GNNDYLVTTA RADNYPYGID YPTRRPTGRF SNGLNIPDII SEAIGMPSTL PYLSPHLTGE 101: NLLVGANFAS AGIGILNDTG IQFVNIIRIS KQMEYFEQYQ LRVSALIGPE ATQQLVNQAL VLITLGGNDF VNNYYLIPFS ARSRQYALPD YVVYLISEYG 201: KILRKLYELG ARRVLVTGTG AMGCAPAELA QHSRNGECYG ALQTAAALFN PQLVDLIASV NAEIGQDVFV AANAYQMNMD YLSNPEQFGF VTSKVACCGQ 301: GPYNGIGLCT PVSNLCPNRD LYAFWDAFHP TEKANRIIVN QILTGSSKYM HPMNLSTAML LDSSKI |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)