AT3G02720.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.988 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, acting on glycosyl bonds; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C56, PfpI (InterPro:IPR006286), ThiJ/PfpI (InterPro:IPR002818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class I glutamine amidotransferase-like superfamily protein (TAIR:AT2G38860.2); Has 9235 Blast hits to 5440 proteins in 1716 species: Archae - 384; Bacteria - 8047; Metazoa - 84; Fungi - 88; Plants - 239; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 393 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:586336..588088 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41647.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 388 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANSRTVLIL CGDYMEDYEV MVPFQALQAF GITVHTVCPG KKAGDSCPTA VHDFCGHQTY FESRGHNFTL NATFDEVDLS KYDGLVIPGG RAPEYLALTA 101: SVVELVKEFS RSGKPIASIC HGQLILAAAD TVNGRKCTAY ATVGPSLVAA GAKWVEPITP DVCVVDGSLI TAATYEGHPE FIQLFVKALG GKITGANKRI 201: LFLCGDYMED YEVKVPFQSL QALGCQVDAV CPEKKAGDRC PTAIHDFEGD QTYSEKPGHT FALTTNFDDL VSSSYDALVI PGGRAPEYLA LNEHVLNIVK 301: EFMNSEKPVA SICHGQQILA AAGVLKGRKC TAYPAVKLNV VLGGGTWLEP DPIDRCFTDG NLVTGAAWPG HPEFVSQLMA LLGIQVSF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)