AT2G47250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: in 7 functions; LOCATED IN: membrane, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helicase-associated domain (InterPro:IPR007502), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), Domain of unknown function DUF1605 (InterPro:IPR011709), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA helicase family protein (TAIR:AT3G62310.1); Has 10530 Blast hits to 9574 proteins in 1628 species: Archae - 0; Bacteria - 3453; Metazoa - 2465; Fungi - 1286; Plants - 884; Viruses - 707; Other Eukaryotes - 1735 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:19399923..19402981 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 82658.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 729 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTERKRKVS LFDVMEDPSL SSKNTKSNGL GLAAAAGGGS NLINKWNGKA YSQRYFEILE KRRDLPVWLQ KDDFLNTLNS NQTLILVGET GSGKTTQIPQ 101: FVLDAVVADN SDKGRKWLVG CTQPRRVAAM SVSRRVADEM DVSIGEEVGY SIRFEDCTSS RTMLKYLTDG MLLREAMADP LLERYKVIIL DEAHERTLAT 201: DVLFGLLKEV LRNRPDLKLV VMSATLEAEK FQEYFSGAPL MKVPGRLHPV EIFYTQEPER DYLEAAIRTV VQIHMCEPPG DILVFLTGEE EIEDACRKIN 301: KEVSNLGDQV GPVKVVPLYS TLPPAMQQKI FDPAPVPLTE GGPAGRKIVV STNIAETSLT IDGIVYVIDP GFAKQKVYNP RIRVESLLVS PISKASAHQR 401: SGRAGRTRPG KCFRLYTEKS FNNDLQPQTY PEILRSNLAN TVLTLKKLGI DDLVHFDFMD PPAPETLMRA LEVLNYLGAL DDEGNLTKTG EIMSEFPLDP 501: QMSKMLIVSP EFNCSNEILS VSAMLSVPNC FVRPREAQKA ADEAKARFGH IDGDHLTLLN VYHAYKQNNE DPNWCFENFV NNRAMKSADN VRQQLVRIMS 601: RFNLKMCSTD FNSRDYYVNI RKAMLAGYFM QVAHLERTGH YLTVKDNQVV HLHPSNCLDH KPEWVIYNEY VLTTRNFIRT VTDIRGEWLV DVAQHYYDLS 701: NFPNCEAKRA LEKLYKKRER EKNESKNRK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)