AT2G43120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RmlC-like cupins superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RmlC-like cupins superfamily protein; FUNCTIONS IN: calmodulin binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: stem, flower; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pirin, C-terminal (InterPro:IPR008778), Pirin (InterPro:IPR012093), Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Pirin, N-terminal (InterPro:IPR003829); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pirin (TAIR:AT3G59220.1); Has 7357 Blast hits to 7357 proteins in 1454 species: Archae - 66; Bacteria - 4603; Metazoa - 71; Fungi - 219; Plants - 125; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2273 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17927339..17928871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35540.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 321 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRAAINRANS LGGLFSFRFI RNIKSMSSST SQDFVSRPVI KKVFAKLQKE GDGAVVRRGI SRSEQKLLDP FLMLDEFSVS PPAGFPDHPH RGFETVTYVL 101: EGGITHQDFK GHKGTIYAGD VQWMTAGRGI IHSEMPEEEV NKGLQLWINL SSNEKMIEPN YQELSHSDIP KAEQNGVEVK VIAGESMGIQ SPVYTRTPTM 201: FLDFTLQPGA QIHQNVPESW NAFAYILESG EGGGVFSSSN SSPIPAHSVV VFGPGNDGVS VWNKSSSKQL RFVLIAGEPI GEPVVQYGPF VMNTQAEIDM 301: TIEDYHYGKN GFEMAKYWRS Q |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)