AT2G36240.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein (TAIR:AT1G09900.1); Has 43076 Blast hits to 12816 proteins in 267 species: Archae - 3; Bacteria - 25; Metazoa - 283; Fungi - 440; Plants - 41291; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 1032 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:15195663..15197156 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56359.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 497 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRWNKKNVIS LVSKSHHLPA PITPPLPEIY RIPNPPPKLP EISIPPTLTL SPSPKHSNFV NFLENNLPHH QTLTPQTLLG FLRSKIRNHP LYAHYDFAVF 101: NWAATLDTFR HDHDSFLWMS RSLAATHRFD DLYRLLSFVA ANPCPCSSGI FSCPELEPIF RSAIDAYCRA RKMDYALLAF DTMKRLIDGK PNVGVYNTVV 201: NGYVKSGDMD KALRFYQRMG KERAKPDVCT FNILINGYCR SSKFDLALDL FREMKEKGCE PNVVSFNTLI RGFLSSGKIE EGVKMAYEMI ELGCRFSEAT 301: CEILVDGLCR EGRVDDACGL VLDLLNKRVL PSEFDYGSLV EKLCGENKAV RAMEMMEELW KKGQTPCFIA CTTLVEGLRK SGRTEKASGF MEKMMNAGIL 401: PDSVTFNLLL RDLCSSDHST DANRLRLLAS SKGYEPDETT YHVLVSGFTK EGRRKEGEVL VNEMLDKDML PDIFTYNRLM DGLSCTGKFS RKQVRML |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)