AT2G27550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.890 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : centroradialis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein similar to TFL1. overexpression leads to similar phenotype as TFL1 overexpression. expressed specifically in the hypocotyl and null mutation does not result in phenotypes exhibited by TFL1 null mutations. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
centroradialis (ATC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidylethanolamine-binding, conserved site (InterPro:IPR001858), Phosphatidylethanolamine-binding protein PEBP (InterPro:IPR008914); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: PEBP (phosphatidylethanolamine-binding protein) family protein (TAIR:AT5G03840.1); Has 2165 Blast hits to 2165 proteins in 308 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 605; Fungi - 111; Plants - 1396; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:11773417..11774509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19893.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 175 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARISSDPLM VGRVIGDVVD NCLQAVKMTV TYNSDKQVYN GHELFPSVVT YKPKVEVHGG DMRSFFTLVM TDPDVPGPSD PYLREHLHWI VTDIPGTTDV 101: SFGKEIIGYE MPRPNIGIHR FVYLLFKQTR RGSVVSVPSY RDQFNTREFA HENDLGLPVA AVFFNCQRET AARRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)