AT1G71692.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AGAMOUS-like 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the MADS box family of transcription factors. Involved in root cell differentiation and flowering time. Loss of function mutations have abnormal cellular differentiation in the roots and are late flowering. AGL12 along with AGL14, and AGL17 is preferentially expressed in root tissues and represent the only characterized MADS box genes expressed in roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AGAMOUS-like 12 (AGL12); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: vegetative to reproductive phase transition of meristem, root development; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 11 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, D bilateral stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor, MADS-box (InterPro:IPR002100), Transcription factor, K-box (InterPro:IPR002487); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: K-box region and MADS-box transcription factor family protein (TAIR:AT3G58780.1); Has 6551 Blast hits to 6549 proteins in 840 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 621; Fungi - 300; Plants - 5564; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26952903..26954939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23920.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 211 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARGKIQLKR IENPVHRQVT FCKRRTGLLK KAKELSVLCD AEIGVVIFSP QGKLFELATK GTMEGMIDKY MKCTGGGRGS SSATFTAQEQ LQPPNLDPKD 101: EINVLKQEIE MLQKGISYMF GGGDGAMNLE ELLLLEKHLE YWISQIRSAK MDVMLQEIQS LRNKEGVLKN TNKYLLEKIE ENNNSILDAN FAVMETNYSY 201: PLTMPSEIFQ F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)