AT2G24610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cyclic nucleotide-gated channel 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Cyclic nucleotide gated channel family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cyclic nucleotide-gated channel 14 (CNGC14); FUNCTIONS IN: ion channel activity, cyclic nucleotide binding, calmodulin binding; INVOLVED IN: potassium ion transport, ion transport, transmembrane transport; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclic nucleotide-binding (InterPro:IPR000595), Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG (InterPro:IPR003938), Ion transport (InterPro:IPR005821), Cyclic nucleotide-binding-like (InterPro:IPR018490), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclic nucleotide-gated channel 17 (TAIR:AT4G30360.1); Has 3394 Blast hits to 3208 proteins in 282 species: Archae - 0; Bacteria - 121; Metazoa - 1626; Fungi - 28; Plants - 945; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 674 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:10457105..10460351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83459.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 726 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFKRDNTVR FYGDEKQTIE VGEKRVPLFK STTAPFMKQE VLPKKSKTRL KIPRFGRFKV FPENFEIERD KILDPGGDAV LQWNRVFLFW CLVALYVDPL 101: FFFLSSVKRI GRSSCMTTDL KLGIVITFFR TLADLFYVLH IVIKFRTAYV SRTSRVFGRG ELVKDPKLIA RRYLRSDFIV DLIACLPLPQ IVSWFILPSI 201: RSSHSDHTTN ALVLIVLVQY IPRLYLIFPL SAEIIKATGV VTTTAWAGAA YNLLQYMLAS HILGSAWYLL SIERQATCWK AECHKESVPL QCVTDFFDCG 301: TLHRDDRNNW QNTTVVFSNC DPSNNIQFTF GIFADALTKN VVSSPFLEKY LYCLWFGLQN LSSYGQNLST STSVLETMFA ILVAIFGLVL FALLIGNMQT 401: YLQSITVRLE EWRLKRRDTE EWMGHRLLPQ NLRERVRRFV QYKWLATRGV DEETILHSLP ADLRRDIQRH LCLDLVRRVP LFAQMDDQLL DAICERLASS 501: LSTQGNYIVR EGDPVTEMLF IIRGKLESST TNGGRTGFFN SITLRPGDFC GEELLAWALL PKSTVNLPSS TRTVRALEEV EAFALQAGDL KFVANQFRRL 601: HSKKLQHTFR YYSHQWRTWA ACFVQVAWRR YKRKKLAKSL SLAESFSSYD EEEAVAVAAT EEMSHEGEAQ SGAKARHHTS NVKPHFAATI LASRFAKNTR 701: RTAHKLKDVE IPMLPKPDEP DFSVDD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)