AT2G18280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.552 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubby like protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TLP family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubby like protein 2 (TLP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Tubby, C-terminal, conserved site (InterPro:IPR018066), Tubby, C-terminal (InterPro:IPR000007); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubby like protein 3 (TAIR:AT2G47900.3); Has 957 Blast hits to 948 proteins in 117 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 352; Fungi - 19; Plants - 471; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 115 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7946754..7948176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43880.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 394 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLKSILRDL KEVRDGLGGI SKRSWSKSSH IAPDQTTPPL DNIPQSPWAS LPPELLHDII WRVEESETAW PARAAVVSCA SVCKSWRGIT MEIVRIPEQC 101: GKLTFPISLK QPGPRDSPIQ CFIKRNRATA TYILYYGLMP SETENDKLLL AARRIRRATC TDFIISLSAK NFSRSSSTYV GKLRSGFLGT KFTIYDNQTA 201: SSTAQAQPNR RLHPKQAAPK LPTNSSTVGN ITYELNVLRT RGPRRMHCAM DSIPLSSVIA EPSVVQGIEE EVSSSPSPKG ETITTDKEIP DNSPSLRDQP 301: LVLKNKSPRW HEQLQCWCLN FKGRVTVASV KNFQLVAEID ASLDAPPEEH ERVILQFGKI GKDIFTMDYR YPLSAFQAFA ICISSFDTKP ACEG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)