AT2G02740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ssDNA-binding transcriptional regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homolog of the potato p24 protein. It shares the conserved KGKAAL domain, a putative DNA-binding domain, with potato p24 and is localized to the plastid and not the nucleus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
WHIRLY 3 (WHY3); FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: defense response; LOCATED IN: plastid chromosome, chloroplast, nucleoid; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ssDNA-binding transcriptional regulator (InterPro:IPR009044), Plant transcription factor (InterPro:IPR013742); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ssDNA-binding transcriptional regulator (TAIR:AT1G14410.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:769389..770993 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29729.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 268 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQLLSSPPM AVFSKTFINH KFSDARFLSS HSILTSGGFA GKIIPLKPTA RLKLTVKSRQ SDYFEKQRFG DSSSSQNAEV SSPRFYVGHS IYKGKAALTI 101: EPRAPEFVAL ESGAFKLTKE GFLLLQFAPA AGVRQYDWSR KQVFSLSVTE IGNLVSLGPR ESCEFFHDPF KGKGSDEGKV RKVLKVEPLP DGSGRFFNLS 201: VQNKLLNVDE SVYIPITKAE FAVLISAFNF VLPHLIGWSA FANSIKPEDS NRLNNASPKY GGDYEWSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)