AT1G80290.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.863 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
a member of the Glycosyltransferase Family 64 (according to CAZy Database) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein; FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system, intrinsic to endoplasmic reticulum membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EXTL2, alpha-1,4-N-acetylhexosaminyltransferase (InterPro:IPR015338); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Nucleotide-diphospho-sugar transferases superfamily protein (TAIR:AT3G55830.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:30188585..30189574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37705.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVKSVRFSI WFLFVVTDLV FCRTLSGDPD PCDATNQREF QKLRSDQITV LINGYSEYRI PLLQTIVASY SSSSIVSSIL VLWGNPSTPD QLLDQLYQNL 101: TQYSPGSASI SLIQQSSSSL NARFLPRSSV DTRAVLICDD DVEIDQRSLE FAFSVWKSNP DRLVGTFVRS HGFDLQGKEW IYTVHPDKYS IVLTKFMMMK 201: QDYLFEYSCK GGVEMEEMRM IVDQMRNCED ILMNFVAADR LRAGPIMVGA ERVRDWGDAR NEEVEERVRD VGLSSRRVEH RKRRGNCIRE FHRVMGKMPL 301: MYSYGKVVNS VGEQGLCRKA GKLVFCDRD |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)