AT1G78560.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Sodium Bile acid symporter family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Sodium Bile acid symporter family; FUNCTIONS IN: transporter activity, bile acid:sodium symporter activity; INVOLVED IN: sodium ion transport; LOCATED IN: chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Bile acid:sodium symporter (InterPro:IPR002657); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Sodium Bile acid symporter family (TAIR:AT2G26900.1); Has 4745 Blast hits to 4739 proteins in 1061 species: Archae - 72; Bacteria - 2461; Metazoa - 464; Fungi - 2; Plants - 257; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1489 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29546846..29548764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42749.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 401 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASAISLSLL NGATPLKSNS LHKSRLTPLH LRTISCSRLS YSPSSREISL KTQSTVPISC RRSRFDFVPR CGISSNDLPT EKKKSFGEWV EFVGEAVSTA 101: FPIWVSLGCL LGLMRPSTFN WVTPNWTIVG LTITMLGMGM TLTLDDLRGA LSMPKELFAG FLLQYSVMPL SAFFVSKLLN LPPHYAAGLI LVGCCPGGTA 201: SNIVTYIARG NVALSVLMTA ASTVSAVIMT PLLTAKLAKQ YITVDALGLL MSTLQVVLLP VLAGAFLNQY FKKLVKFVSP VMPPIAVGTV AILCGYAIGQ 301: NASAILMSGK QVVLASCLLH ISGFLFGYLF SRILGIDVAS SRTISIEVGM QNSVLGVVLA TQHFGNPLTA VPCAVSSVCH SILGSVLAGI WRRSAPKQLE 401: D |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)