AT1G76170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.558 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-thiocytidine tRNA biosynthesis protein, TtcA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
2-thiocytidine tRNA biosynthesis protein, TtcA; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: tRNA processing; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold (InterPro:IPR014729), Uncharacterised protein family UPF0021, C-terminal (InterPro:IPR000541), PP-loop (InterPro:IPR011063), 2-thiocytidine tRNA biosynthesis protein, TtcA (InterPro:IPR012089); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: repressor of lrx1 (TAIR:AT2G44270.1); Has 4635 Blast hits to 4558 proteins in 1674 species: Archae - 313; Bacteria - 3429; Metazoa - 162; Fungi - 209; Plants - 60; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 462 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28584179..28586225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37369.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEAGEEKSKK AGGECFYEVF EEEIHQVIVG NRLFKFGERV AIGASGGKDS SVLAYVLSEL NRRHSYGLDL FLLSIDEGIT GYRDDSLETV KRNEVQYGLP 101: LQIVSYKDLY GWTMDEIVKM IGLKNNCTFC GVFRRQALDR GAALLKVDKL VTGHNADDIA ETVVLNILRG DIARLSRCTS ITTGEDGPIP RCKPFKYTYE 201: KEIVMYAYFK KLDYFSTECI YSPNAYRGFA CEFINDLERL RPRAILDIIK SGEDFRIATT TKMPEQGTCE RCGYISSQKW CKACVLLEGL NRGLPKMGIG 301: RPRGNVNGDY KDIKARSTAK TIESKQCGSL DF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)