AT1G74040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-isopropylmalate synthase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an active Arabidopsis isopropylmalate synthase IPMS2. Involved in leucine biosynthesis. Do not participate in the chain elongation of glucosinolates. Expressed constitutively throughout the plant. Loss of IPMS2 can be compensated by a second isopropylmalate synthase gene IPMS1 (At1g18500). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
2-isopropylmalate synthase 1 (IMS1); FUNCTIONS IN: 2-isopropylmalate synthase activity; INVOLVED IN: leucine biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site (InterPro:IPR002034), 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain (InterPro:IPR013709), Pyruvate carboxyltransferase (InterPro:IPR000891), Bacterial 2-isopropylmalate synthase (InterPro:IPR005671); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methylthioalkylmalate synthase-like 4 (TAIR:AT1G18500.1); Has 16891 Blast hits to 16883 proteins in 2449 species: Archae - 499; Bacteria - 8886; Metazoa - 193; Fungi - 474; Plants - 279; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6560 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27842258..27845566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68140.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 631 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESSILKSPN LSSPSFGVPS IPALSSSSTS PFSSLHLRSQ NHRTISLTTA GKFRVSYSLS ASSPLPPHAP RRRPNYIPNR ISDPNYVRIF DTTLRDGEQS 101: PGATLTSKEK LDIARQLAKL GVDIIEAGFP AASKDDFEAV KTIAETVGNT VDENGYVPVI CGLSRCNKKD IETAWEAVKY AKRPRIHTFI ATSDIHLKYK 201: LKKSKEEVIE IARNMVRFAR SLGCEDVEFS PEDAGRSERE YLYEILGEVI KAGATTLNIP DTVGITLPSE FGQLIADIKA NTPGIQNVII STHCQNDLGL 301: STANTLSGAH SGARQVEVTI NGIGERAGNA SLEEVVMAIK CRGDHVLGGL FTGIDTRHIV MTSKMVEEYT GMQTQPHKAI VGANAFAHES GIHQDGMLKH 401: KGTYEIMSPE EIGLERSNDA GIVLGKLSGR HALKDRLNEL GYVLDDGQLS NLFWRFKAVA EQKKRVTDAD LIALVSDEVF QPEAVWKLLD MQITCGTLGL 501: STSTVKLADS DGKEHVACSV GTGPVDAAYK AVDLIVKEPA TLLEYSMNAV TEGIDAIATT RVLIRGDNNY SSTNAVTGES VERTFSGTGA GMDIVVSSVK 601: AYVGALNKML GFKEHTSTLS KTPLETNEVP A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)