AT1G72740.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: nucleosome assembly, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Histone H1/H5 (InterPro:IPR005818), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like/winged-helix DNA-binding family protein (TAIR:AT1G17520.1); Has 801 Blast hits to 789 proteins in 123 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 83; Fungi - 63; Plants - 602; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27380499..27382687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31884.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 287 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGNQKLKWTA EEEEALLAGI RKHGPGKWKN ILRDPEFADQ LIHRSNIDLK DKWRNLSVPP GTQSLTNKAR PAKVKEEGDT PAADANDAVT IPRPIPTIPP 101: PPGRRTLPSE LIPDENTKNA PRYDGVIFEA LSALADGNGS DVSSIYHFIE PRHEVPPNFR RILSTRLRRL AAQSKLEKVS TFKSIQNFYK IPDPSGTKIG 201: VPKPKETHTK LRQANNQTSA DSQQMIEEAA ITAACKVVEA ENKIDVAKLA AEEFEKMTKI AEENRKLLVI ATEMHELCSC GETMLLA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)