AT1G69940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pectin lyase-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with pectin methylesterase activity. The protein expression was shown to be highly restricted to the pollen grain (no detection in any other tissues or in the pollen grains' surrounding cells of the anthers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PPME1; FUNCTIONS IN: pectinesterase activity; INVOLVED IN: pollen tube growth; LOCATED IN: Golgi apparatus, endoplasmic reticulum, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: male gametophyte, flower, pollen tube; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectin lyase-like superfamily protein (TAIR:AT5G07410.1); Has 2422 Blast hits to 2374 proteins in 311 species: Archae - 6; Bacteria - 595; Metazoa - 1; Fungi - 194; Plants - 1601; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26343549..26344971 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39144.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 361 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGYTNVSILL GLLMVFVTPM VFADDVTPIP EGKPQVAQWF NANVGPLAQR KGLDPALVAA EAAPRIINVN PKGGEFKTLT DAIKSVPAGN TKRVIIKMAP 101: GEYKEKVTID RNKPFITLMG QPNAMPVITY DGTAAKYGTV DSASLIILSD YFMAVNIVVK NTAPAPDGKT KGAQALSMRI SGNFAAFYNC KFYGFQDTIC 201: DDTGNHFFKD CYVEGTFDFI FGSGTSMYLG TQLHVVGDGI RVIAAHAGKS AEEKSGYSFV HCKVTGTGGG IYLGRAWMSH PKVVYAYTEM TSVVNPTGWQ 301: ENKTPAHDKT VFYGEYKCSG PGSHKAKRVP FTQDIDDKEA NRFLSLGYIQ GSKWLLPPPA L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)