AT1G67530.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ARM repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ARM repeat superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, binding; INVOLVED IN: protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT1G24330.1); Has 3478 Blast hits to 3233 proteins in 245 species: Archae - 0; Bacteria - 16; Metazoa - 777; Fungi - 226; Plants - 2201; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 255 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25308229..25311081 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 86348.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 782 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVTELEENL FAASDAKLHG DMCKELSGVL CKVLSIFPSL EGARPRSKSG IQALCSLHIA LEKAKNILQH CSECSKLYLA ITGDAVLLKF EKAKIALIDG 101: LKRVEDIVPS SIGSQILEIV GELENTRFML DPSEKEVGDQ IIALLQQGKK FDNCNDNTEL EIFHRAATRL SITSSRVALA ERRALKKLID RARAEEDKRK 201: ESIVAYLLHL MRKCSKLFRS EILDENDSPG SYPCSPNEDH GSVHGFGRQL SRFGSLNDKP MNSINSGQMP VPPEELRCPI SLQLMCDPVI IASGQTYERV 301: CIEKWFSDGH NTCPKTQQQL PHISLTPNNC VKGLIASWCE QNGTQIPSGP PESQDLDYWR LALSDSESTK SQSVNSIGSY KLKGVKIVPL EENGTTVVER 401: QNTEESFVSD DDDEEDSDIN VLERYQDLLA VLNEEEGLEK KCKVVEKIRL LLKDDEEARI FMGANGFVEA LLRFLGSAVD DNNAAAQDSG AMALFNLAVN 501: NNRNKELMLT SGVIRLLEKM ISSAESHGSA TALYLNLSCL DEAKSVIGSS QAVPFLVQLL QKEIETQCKL DALHALYNLS TYSPNIPALL SSNIIKSLQG 601: LLASTGENLW IEKSLAVLLN LASSQEGKDE AVSSQGMISS LATVLDMGDT TEQEQAVSCL LILCNGRESC IQMVLQEGVI PSLVSISVNG TPRGREKSQK 701: LLMLFREERQ QRDQPSSNRD EPPQKEPARK SLSAPLSVHG STPASASVQD YEPRVLSKSM SRRKSMARPF SFFWKKSYSV RE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)