AT1G44575.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (peroxisomal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chlorophyll A-B binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encoding PSII-S (CP22), a ubiquitous pigment-binding protein associated with photosystem II (PSII) of higher plants. Involved in nonphotochemical quenching rather than in photosynthesis. Mutant has a normal violaxanthin cycle but has a limited capacity of quenching singlet excited chlorophylls and is tolerant to lipid peroxidation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NONPHOTOCHEMICAL QUENCHING 4 (NPQ4); FUNCTIONS IN: chlorophyll binding, xanthophyll binding; INVOLVED IN: response to karrikin, nonphotochemical quenching; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, PSII associated light-harvesting complex II, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; Has 242 Blast hits to 188 proteins in 60 species: Archae - 0; Bacteria - 31; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 197; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:16871768..16873194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28009.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 265 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQTMLLTSG VTAGHFLRNK SPLAQPKVHH LFLSGNSPVA LPSRRQSFVP LALFKPKTKA APKKVEKPKS KVEDGIFGTS GGIGFTKANE LFVGRVAMIG 101: FAASLLGEAL TGKGILAQLN LETGIPIYEA EPLLLFFILF TLLGAIGALG DRGKFVDDPP TGLEKAVIPP GKNVRSALGL KEQGPLFGFT KANELFVGRL 201: AQLGIAFSLI GEIITGKGAL AQLNIETGIP IQDIEPLVLL NVAFFFFAAI NPGNGKFITD DGEES |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)