AT1G22500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.902 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: stem, cotyledon, root, leaf; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, LP.04 four leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G72200.1); Has 9627 Blast hits to 9604 proteins in 288 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2532; Fungi - 813; Plants - 4919; Viruses - 76; Other Eukaryotes - 1285 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7949581..7950726 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42228.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 381 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVVMSRVSFY SSFLLLLLEV VVASSEFDDE GRTSFSPTTA IIMIVLVSVF FALGCISVYM RRCLQHALGM DSGGGPGNWL NVRQTTEPGL DASVIETFPT 101: FPYSTVKTLR IGKEALECPV CLNEFEDDET LRLIPQCCHV FHPGCIDAWL RSQTTCPLCR ANLVPVPGES VSSEIPGLAR ETGQNSLRTP IDDNRKRVLT 201: SPDERLIDSV AWTGNQSMPR KSMSTGWKLA ELYSPASSPG QPEENLDRYT LRLPQEIHDQ LVNSSLGKQG SKGQLALPQE RSSVRGFRTG SLGTEKNYFY 301: FERFDQDGRL DRRPFSITPP YHTRSIQSPD EIINASGNYQ DRAGAPKGLL LAIRSPFDRL FTGKKNAGER SYLQSGDASP V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)