AT1G19310.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G23780.1); Has 4673 Blast hits to 4665 proteins in 300 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2731; Fungi - 589; Plants - 822; Viruses - 25; Other Eukaryotes - 500 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:6676424..6677104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24518.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 226 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDVPSCSSG NDTNNNDSSN FECNICLDLA QDPIVTLCGH LFCWPCLYKW LHLHSQSKDC PVCKAVIEED RLVPLYGRGK SSADPRSKSI PGLEVPNRPS 101: GQRPETAQPP DPNHGFAHHH GFGGFMGGFA APMASARFGN VTLSAAFGGL IPSLFNLHFH GFPDAAMYGA AASGGFPHGF SNPFHGGHSH MHSYQRHTGR 201: QGQQDHHLRI LLLIVFVVVV FSLFLS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)