AT1G15950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cinnamoyl coa reductase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a cinnamoyl CoA reductase. Involved in lignin biosynthesis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cinnamoyl coa reductase 1 (CCR1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NAD-dependent epimerase/dehydratase (InterPro:IPR001509), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cinnamoyl coa reductase (TAIR:AT1G80820.1); Has 12077 Blast hits to 12065 proteins in 1900 species: Archae - 220; Bacteria - 5385; Metazoa - 413; Fungi - 986; Plants - 2545; Viruses - 54; Other Eukaryotes - 2474 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5478855..5481915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37490.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 344 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPVDVASPAG KTVCVTGAGG YIASWIVKIL LERGYTVKGT VRNPDDPKNT HLRELEGGKE RLILCKADLQ DYEALKAAID GCDGVFHTAS PVTDDPEQMV 101: EPAVNGAKFV INAAAEAKVK RVVITSSIGA VYMDPNRDPE AVVDESCWSD LDFCKNTKNW YCYGKMVAEQ AAWETAKEKG VDLVVLNPVL VLGPPLQPTI 201: NASLYHVLKY LTGSAKTYAN LTQAYVDVRD VALAHVLVYE APSASGRYLL AESARHRGEV VEILAKLFPE YPLPTKCKDE KNPRAKPYKF TNQKIKDLGL 301: EFTSTKQSLY DTVKSLQEKG HLAPPPPPPS ASQESVENGI KIGS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)