AT1G14685.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic pentacysteine 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis GBP Basic Penta Cysteine 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
basic pentacysteine 2 (BPC2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: GAGA binding-like (InterPro:IPR010409); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic pentacysteine1 (TAIR:AT2G01930.2); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5043086..5043925 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31170.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 279 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDDGFRNWG YYEPAAATFK GNLGLQLMST IDRNTKPFLP GRDPNLMMGP NGSYHHQEPP IHMSYNWINQ QKDKFFNMLP VTTATPNYGN VLPETSSAPS 101: MQMNLHHHLQ TEENPVKLEE EIVVQTKKRK TNAKAGSTPK AKKPRKPKDE NSNNNNNNNT NVTRVKPAKK SVDLVINGVS MDISGLPVPI CTCTGAPQQC 201: YRWGCGGWQS ACCTTNISMH PLPMSTKRRG ARISGRKMSQ GAFKKVLEKL ASDGFNFGNP IDLKSHWARH GTNKFVTIR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)