AT1G14570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UBX domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
UBX domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UAS (InterPro:IPR006577), Uncharacterised conserved protein UCP037991, UAS, UBX (InterPro:IPR017346), UBX (InterPro:IPR001012), Ubiquitin interacting motif (InterPro:IPR003903), UBA-like (InterPro:IPR009060), Thioredoxin-like fold (InterPro:IPR012336); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: structural constituent of ribosome (TAIR:AT4G14250.2); Has 594 Blast hits to 577 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 212; Fungi - 143; Plants - 155; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 80 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4983770..4987192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51810.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 468 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGMLSSGDQ QRLVSSFLEI AVGQTAETAR QFLQATSWKL EEAIQLFYIG NEGGMLQSGT HTQPASNDDA AAQSWGAATG TGNEMILPND VDEVRAPLPV 101: VRETLYGESM YYGAMRVGNS QPEPNSLIAF RNFSEEPKSP GIWEPDEGDS SASASASASA SESASAPRDS LASLYRPPFH LMFQGSFEQA KTTSSSQDKW 201: LLVNLQSTTE FSSHMLNRDT WANDAVSQTI KANFIFWQVY DDTTEGRKVC TYYKLESIPV VLVIDPTTGQ RMRMWTGMVD PENLLEDLVP FMDGGPREHF 301: ASLSKKRPRG SFSLTPHSKP KEDVAKDEEE EELQRALAAS LEDNNMKESS DDQSTIIPEE VAVEAVTSAV LPTFPPLPEE PKGGDRSLQC RVGIRLPNGQ 401: RLQRNFLKTD TIQLLWSFCY SQLEESERKK PLKLTQAIPG ESKTLEYESN LTLEQSGVAN SMISATWE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)