AT1G14250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.979 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: vacuole; EXPRESSED IN: male gametophyte, cultured cell, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleoside phosphatase GDA1/CD39 (InterPro:IPR000407); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GDA1/CD39 nucleoside phosphatase family protein (TAIR:AT1G14240.4); Has 1463 Blast hits to 1456 proteins in 234 species: Archae - 0; Bacteria - 39; Metazoa - 610; Fungi - 315; Plants - 332; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 167 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4868675..4871203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53507.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 488 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDALKVQILP DNQSSPSSTH MLTKPKSKKA TKSIAMLIVA SLAITLGLLF VFSSNSVMFS ASFLRRSSLH YSVIIDAGSS GTRIHVFGYW FESGKPVFDF 101: GEEHYASLKL SPGLSSYADN PEGASVSVTK LVEFAKGRIP KGKLKKSDIR LMATAGMRLL DVPVQEQILD VTRRVLRSSG FKFQDEWATV ISGTDEGIYA 201: WVVANHALGS LGGDPLKTTG IVELGGASAQ VTFVPSEHVP PEFSRTISYG NVSYTIYSHS FLDFGQDAAE DKLLESLQNS VAASTGDGIV EDPCTPKGYI 301: YDTHSQKDSS GFLSEESKFK ASLQVQAAGD FTKCRSATLA MLQEGKENCA YKHCSIGSTF TPNIQGSFLA TENFFHTSKF FGLGEKEWLS EMILAGKRFC 401: GEEWSKLKEK YPTTKDKYLH RYCFSSAYII SMLHDSLGVA LDDERIKYAS KAGKENIPLD WALGAFILNT DTPTSDYNGK SRKMIGFK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)