AT1G12270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : stress-inducible protein, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
stress-inducible protein, putative; FUNCTIONS IN: binding; INVOLVED IN: response to stress; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock chaperonin-binding (InterPro:IPR006636), Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: stress-inducible protein, putative (TAIR:AT1G62740.1); Has 37869 Blast hits to 17250 proteins in 1367 species: Archae - 1337; Bacteria - 11482; Metazoa - 9184; Fungi - 2650; Plants - 3694; Viruses - 39; Other Eukaryotes - 9483 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4172105..4174575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64588.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 572 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEEAKAKGN AAFSSGDFTT AINHFTEAIA LAPTNHVLFS NRSAAHASLH QYAEALSDAK ETIKLKPYWP KGYSRLGAAH LGLNQFELAV TAYKKGLDVD 101: PTNEALKSGL ADAEASVARS RAAPNPFGDA FQGPEMWTKL TSDPSTRGFL QQPDFVNMMQ EIQKNPSSLN LYLKDQRVMQ SLGVLLNVKF RPPPPQGDEA 201: EVPESDMGQS SSNEPEVEKK REPEPEPEPE VTEEKEKKER KEKAKKEKEL GNAAYKKKDF ETAIQHYSTA IEIDDEDISY LTNRAAVYLE MGKYNECIED 301: CNKAVERGRE LRSDYKMVAR ALTRKGTALT KMAKCSKDYE PAIEAFQKAL TEHRNPDTLK RLNDAERAKK EWEQKQYFDP KLGDEEREKG NDFFKEQKYP 401: EAIKHYTEAI KRNPNDHKAY SNRAASYTKL GAMPEGLKDA EKCIELDPTF SKGYSRKAAV QFFLKEYDNA METYQAGLEH DPSNQELLDG VKRCVQQINK 501: ANRGDLTPEE LKERQAKGMQ DPEIQNILTD PVMRQVLSDL QENPSAAQKH MQNPMVMNKI QKLISAGIVQ MK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)