AT1G11890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Synaptobrevin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SEC22 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SECRETION 22 (SEC22); FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: transport, vesicle-mediated transport; LOCATED IN: Golgi apparatus, endoplasmic reticulum, plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Longin (InterPro:IPR010908), Longin-like (InterPro:IPR011012), Synaptobrevin (InterPro:IPR001388); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNARE-like superfamily protein (TAIR:AT5G52270.1); Has 1577 Blast hits to 1577 proteins in 232 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 548; Fungi - 342; Plants - 449; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 238 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:4011509..4012835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25333.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 218 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKMTLIARV TDGLPLAEGL DDGRDLPDSD MYKQQVKALF KNLSRGQNDA SRMSVETGPY VFHYIIEGRV CYLTMCDRSY PKKLAFQYLE DLKNEFERVN 101: GPNIETAARP YAFIKFDTFI QKTKKLYQDT RTQRNIAKLN DELYEVHQIM TRNVQEVLGV GEKLDQVSEM SSRLTSESRI YADKAKDLNR QALIRKWAPV 201: AIVFGVVFLL FWVKNKLW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)