AT1G05750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a pentatricopeptide repeat protein required for editing of rpoA and clpP chloroplast transcripts. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pigment defective 247 (PDE247); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: mitochondrial editing factor 21 (TAIR:AT2G20540.1); Has 41993 Blast hits to 13871 proteins in 254 species: Archae - 1; Bacteria - 18; Metazoa - 75; Fungi - 77; Plants - 41230; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 592 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:1721523..1723025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55781.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 500 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGLLPVVGIT SPALITHKNH ANPKIQRHNQ STSETTVSWT SRINLLTRNG RLAEAAKEFS DMTLAGVEPN HITFIALLSG CGDFTSGSEA LGDLLHGYAC 101: KLGLDRNHVM VGTAIIGMYS KRGRFKKARL VFDYMEDKNS VTWNTMIDGY MRSGQVDNAA KMFDKMPERD LISWTAMING FVKKGYQEEA LLWFREMQIS 201: GVKPDYVAII AALNACTNLG ALSFGLWVHR YVLSQDFKNN VRVSNSLIDL YCRCGCVEFA RQVFYNMEKR TVVSWNSVIV GFAANGNAHE SLVYFRKMQE 301: KGFKPDAVTF TGALTACSHV GLVEEGLRYF QIMKCDYRIS PRIEHYGCLV DLYSRAGRLE DALKLVQSMP MKPNEVVIGS LLAACSNHGN NIVLAERLMK 401: HLTDLNVKSH SNYVILSNMY AADGKWEGAS KMRRKMKGLG LKKQPGFSSI EIDDCMHVFM AGDNAHVETT YIREVLELIS SDLRLQGCVV ETLAGDLLNA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)