AT1G03410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.482 endoplasmic reticulum 0.389 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
2A6; FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT1G03400.1); Has 8330 Blast hits to 8293 proteins in 997 species: Archae - 0; Bacteria - 1128; Metazoa - 114; Fungi - 883; Plants - 4883; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1322 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:844782..846574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44848.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 398 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGHDSFCYLI VLRCALRCGI IALMQICALQ KKERRSKMES SDRSSQAKAF DETKTGVKGL VASGIKEIPA MFHTPPDTLT SLKQTAPPSQ QLTIPTVDLK 101: GGSMDLISRR SVVEKIGDAA ERWGFFQVVN HGISVEVMER MKEGIRRFHE QDPEVKKRFY SRDHTRDVLY YSNIDLHTCN KAANWRDTLA CYMAPDPPKL 201: QDLPAVCGEI MMEYSKQLMT LGEFLFELLS EALGLNPNHL KDMGCAKSHI MFGQYYPPCP QPDLTLGISK HTDFSFITIL LQDNIGGLQV IHDQCWVDVS 301: PVPGALVINI GDLLQLISND KFISAEHRVI ANGSSEPRIS MPCFVSTFMK PNPRIYGPIK ELLSEQNPAK YRDLTITEFS NTFRSQTISH PALHHFRI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)