AT5G42600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.954 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : marneral synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an oxidosqualene synthase that produces the monocyclic triterpene marneral. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
marneral synthase (MRN1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Terpene synthase, conserved site (InterPro:IPR002365), Terpenoid cylases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid (InterPro:IPR008930), Squalene cyclase (InterPro:IPR018333), Prenyltransferase/squalene oxidase (InterPro:IPR001330); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Terpenoid cyclases family protein (TAIR:AT1G78500.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17053566..17057975 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 87211.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 761 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWRLRIGAEA RQDPHLFTTN NFAGRQIWEF DANGGSPEEL AEVEEARLNF ANNKSRFKAS PDLFWRRQFL REKKFEQKIP RVRIEDAEKI TYEDAKTALR 101: RGVLYYAACQ ANDGHWPSEV SGSMFLDAPF VICLYITGHL EKIFTLEHVK ELLRYMYNTQ NEDGGWGLDV ESHSVMFCTV LNYICLRILG VEPDHDGQKS 201: ACARARKWIL DHGGATYAPM VAKAWLSVLG VYDWSGCKPL PPEIWMLPSF SPINGGTLWI YIRDLLMGMS YLYGKKFVAT PTALILQLRE ELYPQPYSKI 301: IWSKARNRCA KEDLLYPKSF GQDLFWEGVH MLSENIINRW PLNKFVRQRA LRTTMELVHY HDETTHYITG ACVAKPFHML ACWVEDPDGD YFKKHLARVP 401: DFIWIAEDGL KFQLMGMQSW NAALSLQVML AANMDDEIRS TLIKGYDFLK QSQISENPQG DHLKMFRDIT KGGWTFQDRE QGLPISDGTA ESIECCIHFH 501: RMPSEFIGEK MDVEKLYDAV NFLIYLQSDN GGMPVWEPAP GKKWLEWLSP VEHVENTVVE QEYLECTGSV IAGLVCFKKE FPDHRPKEIE KLIKKGLKYI 601: EDLQMPDGSW YGNWGVCFTY GTLFAVRGLA AAGKTFGNSE AIRRAVQFIL NTQNAEGGWG ESALSCPNKK YIPSKGNVTN VVNTGQAMMV LLIGGQMERD 701: PSPVHRAAKV LINSQLDIGD FPQQERRGIY MNMLLHYPTY RNMFSLWALA LYTNALRLLV S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)