AT5G63890.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histidinol dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes histidinol dehydrogenase. Up-regulated in response to UV-B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histidinol dehydrogenase (HDH); FUNCTIONS IN: histidinol dehydrogenase activity; INVOLVED IN: response to UV, pollen development; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldehyde/histidinol dehydrogenase (InterPro:IPR016161), Histidinol dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR001692), Histidinol dehydrogenase, prokaryotic-type (InterPro:IPR012131); Has 9146 Blast hits to 9146 proteins in 2211 species: Archae - 179; Bacteria - 4194; Metazoa - 4; Fungi - 211; Plants - 72; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4486 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:25565600..25568104 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50325.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 466 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLNLSRLSL LSSPRISIST HAPRKGYVCC SMKSYRLSEL SSSQVDSLKS RPRIDFSSIF ATVNPIIDAV RSNGDNAVKE YTERFDKVQL NKVVEDMSEL 101: SVPELDSNVK EAFDVAYDNI YAFHLAQKST EKSVENMKGV RCKRVSRSIG SVGLYVPGGT AVLPSTALML AIPAQIAGCK TVVLATPPSK DGSICKEVLY 201: CAKRAGVTHI LKAGGAQAIA AMAWGTDSCP KVEKIFGPGN QYVTAAKMIL QNSEAMVSID MPAGPSEVLV IADEHASPVY IAADLLSQAE HGPDSQVVLV 301: VVGDSVDLNA IEEEIAKQCK SLPRGEFASK ALSHSFTVFA RDMIEAISFS NLYAPEHLII NVKDAEKWEG LIENAGSVFI GPWTPESVGD YASGTNHVLP 401: TYGYARMYSG VSLDSFLKFM TVQSLTEEGL RNLGPYVATM AEIEGLDAHK RAVTLRLKDI EAKQLA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)