AT5G43500.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : actin-related protein 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to actin-related proteins (ARPs) in other organisms. Member of nuclear ARP family of genes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
actin-related protein 9 (ARP9); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Actin/actin-like (InterPro:IPR004000); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:17470038..17473429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66473.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 596 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKPKSNSHL SWQDYLKTVA PTQILSERGA NLVVINLGSA NVRVGLAMDE KPFNVPNCIA RYITQSGKPT VVDQMLNTEV TTNQHVDRER AYNSAASLLK 101: ILFLDESSSS GSASRKMGRI DGYNQASTIK KDSVFTWTDV YEDEKISLAS PAETSPDKGD ASASEAVPDV TDSKDTSESK RKYRKMIFGE EALKISPKEP 201: YCLYHPIRRG HFNVSPHYSA QRVCEDLTAI LDWILLEKLH ITHKERFSFH AVIVVPETFD TREIKEMLTI VLGELYFNSA VVHQEGLSAV FGNGLTTACI 301: VNIGAQTSTV VCVEDGVSLP NTEKILPFGG EDICRCLLWI QRHYQKWPQI NTDVLAKPID MLMLNQLKES FCEIRAGELE TVATVHSYEE GMPAVPHKTN 401: LTSLNVPPMG LFYPNLLVPE IFPQPPRQWF QDYENMLEDT WNMDFGGGGN MGLPMWDSFA FSPSKPKKEE KIGLAEAITS SILSAGRIDL RRKLFSSIQL 501: IGGAGLTKGL VAAVEERVLH AIPPTEAIDT VQVLPSRTEP QFVTWKGGAI LGILDFGREA WIERHQWMVN GVNKGGLKKY KDSYHLQGQA MYFINP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)