AT5G27540.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.634 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : MIRO-related GTP-ase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with similarity to GTPases that is localized to the mitochondrion. Involved in embryogenesis, pollen tube growth and required for mitochondrial development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MIRO-related GTP-ase 1 (MIRO1); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: pollen tube growth, mitochondrion organization, embryo development, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 31 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF hand associated, type-1 (InterPro:IPR013566), Mitochondrial Rho-like (InterPro:IPR013684), EF hand associated, type-2 (InterPro:IPR013567), Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Mitochondrial Rho GTPase (InterPro:IPR021181), MIRO (InterPro:IPR020860); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MIRO-related GTP-ase 2 (TAIR:AT3G63150.1); Has 8016 Blast hits to 7980 proteins in 467 species: Archae - 6; Bacteria - 176; Metazoa - 4167; Fungi - 1485; Plants - 887; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1295 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9722816..9727112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72326.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 648 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARYAAGAVD CPGSPKSVRI VVVGDKGTGK SSLIVAAATD SFPPNVPPVL PDYKLPIEFF PDGIPVTIVD TSSRPEDRDI VAEELKRADA VVLTYACDRP 101: ETLERLSEYW LPELRRLEVK IPIIVAGCKL DFRDDNNQVS LEQVMSPIMQ QFREIETCIE CSALKQLQAQ EVFYYAQKTV LHPTGPLFDQ DSQALKPRCV 201: RALKRIFILC DHDRDGALSE AELNDFQVKC FHAPLQPSEI EGVKRVVQEK LPEGVNERGL TVTGFLFLHA LFIEKGRLET TWTVLRKFGY NNDIRLAEEL 301: LPSAIFKRAP DQSFELTNAA IDFLKGMYML FDDDQDNNLR PQEIEDLFST APESPWKEAP YEDAAEKTAL GGLSFDAFLS MWSLMTLLEP ARSVENLIYI 401: GFPGDPSTAI RVTRRRRLDR KKQQCERKVF QCFVFGPNNA GKSALLNCFL GRSYTDNQES TTDERYAVNM VDESGAKKTL IMREIPEDGV QGLFSSKESL 501: AACDIAVFVY DSSDESSWKR ATQLLVEVAN YGEATGYEVP CLMVSAKDDL DSSPISIQES TRMTQDMGIE PPVSISSKLG DFNNLFRKIL TAAQHPHLSI 601: PETEAGKSRK HYNRLINRSL MAVSIGAAAV VVGLAAYRVY ATRKSSSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)