AT4G17740.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Peptidase S41 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Peptidase S41 family protein; FUNCTIONS IN: serine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis, intracellular signaling pathway; LOCATED IN: thylakoid, thylakoid lumen, mitochondrion, chloroplast thylakoid lumen; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S41 (InterPro:IPR005151), PDZ/DHR/GLGF (InterPro:IPR001478), Peptidase S41A, C-terminal peptidase (InterPro:IPR004447); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Peptidase S41 family protein (TAIR:AT3G57680.1); Has 9160 Blast hits to 9150 proteins in 1973 species: Archae - 0; Bacteria - 5658; Metazoa - 14; Fungi - 0; Plants - 153; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3335 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9867088..9869719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54561.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 505 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVLASSSLS PISFTKPNKI NPNFSIQISK ASKFSYARSR SNISRSNAAN PGVVFVCNRF LCVIERNDQR KLSGKVMMKS SVNFRQNLSV ALVRIVSVLL 101: VSSISVVTTD SPPSWGLTEE NLLFLEAWRT IDRAYIDKTF NGQSWFRYRE TALRNEPMNT REETYMAIKK MVATLDDPFT RFLEPGKFKS LRSGTQGAVT 201: GVGLSIGYPT ASDGPPAGLV VISAAPGGPA NRAGILPGDV IQGIDNTTTE TLTIYDAAQM LQGPEGSAVE LAIRSGPETR LLTLTRERVS VNPVKSRLCE 301: LPGSGSNSPK IGYIKLTTFN QNASSAVREA IETLRGNNVN AFVLDLRDNS GGSFPEGIEI AKFWLDKGVI VYICDSRGVR DIYDTDGSNA IATSEPLAVL 401: VNKGTASASE ILAGALKDNK RALVYGEPTY GKGKIQSVFE LSDGSGLAVT VARYETPAHT DIDKVGVTPD HPLPKSFPKD EEAFCGCLKD PTAACYLNQG 501: LLFSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)