AT4G16990.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.988 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : disease resistance protein (TIR-NBS class), putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RESISTANCE TO LEPTOSPHAERIA MACULANS 3 (RLM3); FUNCTIONS IN: transmembrane receptor activity, ATP binding; INVOLVED IN: defense response to fungus, incompatible interaction, regulation of defense response by callose deposition, defense response; LOCATED IN: intrinsic to membrane; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NB-ARC (InterPro:IPR002182), Disease resistance/zinc finger/chromosome condensation-like region (InterPro:IPR013591), Toll-Interleukin receptor (InterPro:IPR000157), Disease resistance protein (InterPro:IPR000767); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class), putative (TAIR:AT4G16890.1); Has 6697 Blast hits to 6313 proteins in 180 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 6691; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:9560155..9565225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91159.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 796 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSSSSQSYD VFPNFRGEDV RHSLVSHLRK ELDRKFINTF NDNRIERSRK ITPELLLAIE NSRISLVVFS KNYASSTWCL DELVKIQECY EKLDQMVIPI 101: FYKVDPSHVR KQTGEFGMVF GETCKGRTEN EKRKWMRALA EVAHLAGEDL RNWRSEAEML ENIAKDVSNK LFPPSNNFSD FVGIEAHIEA LISMLRFDSK 201: KARMIGICGP SETGKTTIGR ALYSRLKSDF HHRAFVAYKR KIRSDYDQKL YWEEQFLSEI LCQKDIKIEE CGAVEQRLKH TKVLIVLDDV DDIELLKTLV 301: GRIRWFGSES KIVVITQKRE LLKAHNIAHV YEVGFPSEEL AHQMFCRYAF GKNSPPHGFN ELADEAAKIA GNRPKALKYV GSSFRRLDKE QWVKMLSEFR 401: SNGNKLKISY DELDGKGQDY VACLTNGSNS QVKAEWIHLA LGVSILLNIR SDGTTILKHL SYNRSMAQQA KIWWYENLER VCKKYNICGI DSSTDGGGST 501: YGQCSNSQFQ RNMDASPGGN KTSNQSTKDS PRASQVEKEK IEYCEPHVYI TPAIFSDGTR APKYVESSSR RVTQVHHAKT WWPENCEKVY ENHNNIYGID 601: RSIDGGDKFE GKSKVSDGGL DGKDQGSMYG QSSNSELQIN MDADNRRCEP VSEMLFKNYN VCSPNGLTDV NCSNPQSQRK LDASLKKDKI VHEWIRTGSG 701: FFFDFQGPKS IVSAAQVDEK NFEYCEQGVY ITLGILSGGI IVLKHLEFSR RMAQQAKVWW SENWIKVYQE HNICGIDKSF DGRFDDRRVI RQLRPN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)