AT4G00490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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| FP Images |
Arabidopsis cell culture (plastidal marker)
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-amylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast beta-amylase. The enzyme activity is very weak compared to BAM1 and BAM3. Mutant of BAM2 has no visible phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-amylase 2 (BAM2); FUNCTIONS IN: beta-amylase activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, polysaccharide catabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 14, conserved site (InterPro:IPR018238), Glycoside hydrolase, family 14 (InterPro:IPR001554), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, family 14B, plant (InterPro:IPR001371), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-amylase 7 (TAIR:AT2G45880.1); Has 836 Blast hits to 835 proteins in 165 species: Archae - 0; Bacteria - 84; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 686; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 66 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:222422..224862 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61401.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 542 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIRLNHSVI PVSVKLGAPT RVSARSSLPF SVGDWRGVST FSGARPLVLA KVKLRAESTE EDRVPIDDDD DSTDQLVDEE IVHFEERDFA GTACVPVYVM 101: LPLGVIDMNS EVVEPEELLD QLRTLKSVNV DGVMVDCWWG IVESHTPQVY NWSGYKKLFQ MIRELGLKIQ VVMSFHECGG NVGDDVHIQI PEWVREIGQS 201: NPDIYFTDSA GRRNTECLTW GIDKQRVLRG RTALEVYFDY MRSFRVEFDE FFEEKIIPEI EVGLGPCGEL RYPSYPAQFG WKYPGIGEFQ CYDKYLMNSL 301: KEAAEVRGHS FWGRGPDNTE TYNSTPHGTG FFRDGGDYDS YYGRFFLNWY SRVLIDHGDR VLAMANLAFE GTCIAAKLSG IHWWYKTASH AAELTAGFYN 401: SSNRDGYGPI AAMFKKHDAA LNFTCVELRT LDQHEDFPEA LADPEGLVWQ VLNAAWDASI PVASENALPC YDREGYNKIL ENAKPLTDPD GRHLSCFTYL 501: RLNPTLMESQ NFKEFERFLK RMHGEAVPDL GLAPGTQETN PE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)