AT3G53460.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : chloroplast RNA-binding protein 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear gene with a consensus RNA-binding domain that is localized to the chloroplast. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chloroplast RNA-binding protein 29 (CP29); FUNCTIONS IN: RNA binding, poly(U) RNA binding; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein (TAIR:AT2G37220.1); Has 992946 Blast hits to 485878 proteins in 21699 species: Archae - 20986; Bacteria - 587269; Metazoa - 197754; Fungi - 28530; Plants - 64033; Viruses - 69323; Other Eukaryotes - 25051 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19819738..19821423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36009.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 342 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSASASSLSA FNPKSLPLCV SRPASVSVLP PSLSFKLHSD HLVSIFASSA LKCSSPAEYP SRFVRNVAVS SDFEVEEDDM FADGDDSAPV ERNSFSPDLK 101: LFVGNLSFNV DSAQLAQLFE SAGNVEMVEV IYDKVTGRSR GFGFVTMSTA AEVEAAAQQF NGYEFEGRPL RVNAGPPPPK REESFSRGPR SGGYGSERGG 201: GYGSERGGGY GSERGGGYGS ERGGGYGSQR SGGGYGGSQR SSYGSGSGSG SGSGSGNRLY VGNLSWGVDD MALENLFNEQ GKVVEARVIY DRDSGRSKGF 301: GFVTLSSSQE VQKAINSLNG ADLDGRQIRV SEAEARPPRG QF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)