AT3G04550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
unknown protein; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT5G28500.1); Has 110 Blast hits to 110 proteins in 51 species: Archae - 0; Bacteria - 67; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 41; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1225961..1227310 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50202.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFSLKSLISS PFTQSTTHGL FTNPITRPVN PLPRTVSFTV TASMIPKRSS ANMIPKNPPA RQQLYQPFRP PSSPIPTQFR SLDSAGKIEI LAGRMALWFE 101: YAPLISSLYT DGFTPPTIEE LTGISSIEQN RLIVGAQVRD SILQSIHEPE LISAFDTGGA ELLYEIRLLS TTQRVAAATF IIDRNIDSKG AQDLARAIKD 201: YPNRRGDVGW LDFDYNLPGD CLSFLYYRQS RENKNPSDQR TSMLLQALGV AESEKAKNRL NTELYGDKEA EKEKEKKKKE EEVKAIRIPV VRLKFGEVAE 301: ATSVVVLPVC KAEEGEKKIL EAPMEIIAGG DFKVVEAEKG WKRWVVLPSW NPVAAIGKGG VAVSFRDDRK VLPWDGKEEP LLVVADRVRN VVEADDGYYL 401: VVAENGLKLE KGSDLKAREV KESLGMVVLV VRPPREDDDD WQTSHQNWD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)