AT3G29360.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.938 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UDP-glucose 6-dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
UDP-glucose 6-dehydrogenase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: oxidation reduction, metabolic process; LOCATED IN: cytosol, nucleus; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001732), 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like (InterPro:IPR008927), UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation and substrate-binding domain (InterPro:IPR014028), UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR014027), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase, dimerisation (InterPro:IPR014026), Nucleotide sugar dehydrogenase (InterPro:IPR017476); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: UDP-glucose 6-dehydrogenase family protein (TAIR:AT5G39320.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:11267375..11268817 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53175.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 480 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKICCIGAG YVGGPTMAVI ALKCPDVEVA VVDISVPRIN AWNSDTLPIY EPGLDDVVKQ CRGKNLFFST DVEKHVREAD IVFVSVNTPT KTRGLGAGKA 101: ADLTYWESAA RMIADVSVSD KIVVEKSTVP VKTAEAIEKI LTHNSKGIKF QILSNPEFLA EGTAIKDLFN PDRVLIGGRE TPEGFKAVQT LKNVYAHWVP 201: EGQIITTNLW SAELSKLAAN AFLAQRISSV NAMSALCEAT GADVTQVSYA VGTDSRIGPK FLNSSVGFGG SCFQKDILNL VYICECNGLP EVAEYWKQVI 301: KINDYQKSRF VNRVVSSMFN SVSNKKIAVL GFAFKKDTGD TRETPAIDVC KGLLEDKARL SIYDPQVTED QIQRDLSMNK FDWDHPLHLQ PMSPTTVKQV 401: TVTWDAYEAT KDAHGICIMT EWDEFKNLDF QKIFDNMQKP AFVFDGRNIM NLQKLREIGF IVYSIGKPLD DWLKDMPAVA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)