AT3G09560.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.942 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Lipin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Lipin family protein; FUNCTIONS IN: phosphatidate phosphatase activity; INVOLVED IN: cellular response to phosphate starvation, lipid metabolic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: LNS2, Lipin/Ned1/Smp2 (InterPro:IPR013209), Lipin, N-terminal conserved region (InterPro:IPR007651); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphatidic acid phosphohydrolase 2 (TAIR:AT5G42870.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2934953..2938673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 101008.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 904 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSLVGRVGSL ISQGVYSVAT PFHPFGGAID VIVVQQQDGS FRSTPWYVRF GKFQGVLKGA EKFVRISVNG TEADFHMYLD NSGEAYFIRE VDPAANDTNN 101: LISGSENNNG NQNNGVTYRL EHSLSDSGTG ELREGFDPLS RLERTESDCN RRFYDFQDDP PSPTSEYGSA RFDNLNVESY GDSQGSDSEV VLVSIDGHIL 201: TAPVSVAEQE AENLRLNTPQ FHLAPGDGTE FCEGNTEFAS SETPWDTEYI DKVEESSDTA NIASDKVDAI NDERNDLDSH SRDNAEKDSH DAERDLLGSC 301: LEQSELTKTS ENVKSEEPGP TFEDRNLKEG EFPLRTIMEN DRSEDEVTIE SIDTLVDSFE SSTTQITIEE VKTTEGSRIS VDSNADSECK DEQTSAETAI 401: LFNNQESSIS VDSNADSECK DEQPRISAET AILINNQEGG IIESEDQDSE RVSIDSTREE VDKDNEDRKT VVSVGVTSSV DEGEPDTDQR YELSLCKDEL 501: RQGMGLSAAA EVFDAHMISK EEYINSATSI LESENLVVRI RETYMPWTKA ARIVLGKAVF DLDLDIQPDD VISVEENESP KPKDDETTIT PSSSGTRWRL 601: WPIPFRRVKT VEHTGSNSSS EEDLFVDSEP GLQNSPETQS TTESRHESPR RQLVRTNVPT NEQIASLNLK DGQNMITFSF STRVLGTQQV DAHIYRWRWD 701: TKIVISDVDG TITKSDVLGQ FMPFIGKDWT QSGVAKLFSA IKENGYQLLF LSARAIVQAY LTRNFLNNLK QDGKALPTGP VVISPDGLFP ALYREVIRRA 801: PHEFKIACLE DIRKLFPTDY NPFYAGFGNR DTDELSYRKL GIPKGKIFII NPKGEVATGH RIDVKKSYTS LHTLVNDMFP PTSLVEQEDY NPWNFWKLPI 901: EEVE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)