AT2G25450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.685 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein whose sequence is similar to ACC oxidase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein (TAIR:AT2G30830.1); Has 7865 Blast hits to 7837 proteins in 966 species: Archae - 0; Bacteria - 1060; Metazoa - 82; Fungi - 676; Plants - 4824; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1223 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:10830286..10831563 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40353.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 359 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAENYDRASE LKAFDEMKIG VKGLVDAGVT KVPRIFHNPH VNVANPKPTS TVVMIPTIDL GGVFESTVVR ESVVAKVKDA MEKFGFFQAI NHGVPLDVME 101: KMINGIRRFH DQDPEVRKMF YTRDKTKKLK YHSNADLYES PAASWRDTLS CVMAPDVPKA QDLPEVCGEI MLEYSKEVMK LAELMFEILS EALGLSPNHL 201: KEMDCAKGLW MLCHCFPPCP EPNRTFGGAQ HTDRSFLTIL LNDNNGGLQV LYDGYWIDVP PNPEALIFNV GDFLQLISND KFVSMEHRIL ANGGEEPRIS 301: VACFFVHTFT SPSSRVYGPI KELLSELNPP KYRDTTSESS NHYVARKPNG NSSLDHLRI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)