AT1G68310.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.940 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF59) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein that has been shown to specifically interact with a sequence motif, PIEPPPHH, in the cytoplasmic tail of a membrane protein that directs the protein from the ER to vacuoles where it is internalized. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
FUNCTIONS IN: vacuolar sorting signal binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF59 (InterPro:IPR002744); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF59) (TAIR:AT3G50845.1); Has 563 Blast hits to 563 proteins in 217 species: Archae - 4; Bacteria - 0; Metazoa - 246; Fungi - 136; Plants - 85; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 92 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25599812..25601239 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17836.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 157 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSGLINENP IIYPKKERRL RTDTSITDEL TPEPIDQLEI FDHIRDIKDP EHPNTLEDLR VVTEDSVEVD DENSYVRVTF TPTVEHCSMA TVIGLCVRVK 101: LLRSLPSRYK IDIRVAPGSH ATEDALNKQL NDKERVAAAL ENPNLVEMVD ECLPSEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)