AT5G15230.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : GAST1 protein homolog 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
gibberellin-regulated (GASA4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GAST1 protein homolog 4 (GASA4); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to gibberellin stimulus, gibberellic acid mediated signaling pathway; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Gibberellin regulated protein (InterPro:IPR003854); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Gibberellin-regulated family protein (TAIR:AT1G74670.1); Has 476 Blast hits to 476 proteins in 44 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 476; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:4945017..4946025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11996.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 106 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKSYGAIFL LTLIVLFMLQ TMVMASSGSN VKWSQKRYGP GSLKRTQCPS ECDRRCKKTQ YHKACITFCN KCCRKCLCVP PGYYGNKQVC SCYNNWKTQE 101: GGPKCP |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)