AT5G05680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear pore complex protein-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes MOS7 (Modifier of snc1,7), homologous to human and Drosophila melanogaster nucleoporin Nup88. Resides at the nuclear envelope. Modulates the nuclear concentrations of certain defense proteins regulates defense outputs. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MODIFIER OF SNC1,7 (MOS7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nuclear pore complex, nucleoporin 88 (InterPro:IPR019321); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1698365..1702475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89735.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 810 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFNFNETED APDSRRSPTP KEPVRWVPLQ SHPVFASLPS SQDEPAVSQL FPRNFMAWDG DSRVYYWDSR RYLLHRLSLR LGEPEPSSVL AAVPSKVMQP 101: DLQVTFSVSK ISINKSGSAV LLAGSDGICV MYLFGRASVI EDNVICRVVS IGSEIYTSSD SAITLLQASW HPDSDTHLGI LSSDAVFRLF DLSSDTELPE 201: QEYYLQPGEP GRSRTASSIY PADFSFGGDH LWDRFTVFIL FTDGSIYILC PVVPFGSVYK WESVMEIYND ANMYGVKSSN SLAVSNSSLA IEWLEATFPD 301: LTEQGTRGEN ILVVKAQPYA LLDASLALQG PLYKASSGDG DEDFAVREAE CKGRAVSLLY NLVSKDSILV TAWSAGQLQV DALVDEIQPV WISGNSSRLR 401: MNSHNKIQGV AMICESNISE LPVATSNLPL DHTVWLGHPP PLLRLAMVDL ALPKMREGGS LVTLFADSLL PERIYSLHDG GIDSTVLHSL PFTSQASGKD 501: EALKTPSVHT VLSTCQEESA VSPLLGFVPL SDSFGYSWIV AVLSSGECIV AEMKTWDLLL PIHVSTDKTV SSSAIEKKEQ ENSCIISKEL LAGPKIRIAP 601: HALPNQRSTP ANSVEGRSIL LDYVKLFHEN YIEYAHKVHF ELQHHAPNLK RIIDDQHQRL AEANEKISKV EKNQSFLEKR IDKAIERHDS LEQCLQRLRS 701: LPGTHKKPLT RAELDFKSEL DQYAGVEVDA LQSSIETLRA RVKKSTQKSH KGTVVAASQK KQYSKKNLIQ DTQMSQLQST LAKLSLMNSD NSKKVKIVES 801: ALKSQESSFM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)