AT3G55270.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : mitogen-activated protein kinase phosphatase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
MAP kinase phosphatase (MKP1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mitogen-activated protein kinase phosphatase 1 (MKP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein-tyrosine phosphatase, active site (InterPro:IPR016130), Dual-specific/protein-tyrosine phosphatase, conserved region (InterPro:IPR000387), Dual specificity phosphatase, catalytic domain (InterPro:IPR000340), Dual specificity phosphatase, subgroup, catalytic domain (InterPro:IPR020422); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MAPK phosphatase 2 (TAIR:AT3G06110.3); Has 4115 Blast hits to 4050 proteins in 297 species: Archae - 2; Bacteria - 48; Metazoa - 2335; Fungi - 439; Plants - 312; Viruses - 98; Other Eukaryotes - 881 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20496775..20499408 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85968.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 784 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGREDAMGN DEAPPGSKKM FWRSASWSAS RTASQVPEGD EQSLNIPCAI SSGPSRRCPA APLTPRSHHN SKARACLPPL QPLAISRRSL DEWPKAGSDD 101: VGEWPHPPTP SGNKTGERLK LDLSSTQQRV TDKSSGLAKR EKIAFFDKEC SKVADHIYVG GDAVAKDKSI LKNNGITHIL NCVGFICPEY FKSDFCYRSL 201: WLQDSPSEDI TSILYDVFDY FEDVREQSGR IFVHCCQGVS RSTSLVIAYL MWREGQSFDD AFQYVKSARG IADPNMGFAC QLLQCQKRVH AFPLSPTSLL 301: RMYKMSPHSP YDPLHLVPKL LNDPCPGSLD SRGAFIIQLP SAIYIWVGRQ CETIMEKDAK AAVCQIARYE KVEAPIMVVR EGDEPVYYWD AFASILPMIG 401: GSVIKVQPGD RKVDAYNLDF EIFQKAIEGG FVPTLASSNN EHETHLPARE NSWSSLKCKF ASRFDKGFRY VSKTPLSRVY SDSMMIVHSS GSPSSTTSSS 501: STASPPFLSP DSVCSTNSGN SLKSFSQSSG RSSLRPSIPP SLTLPKFSSL SLLPSQTSPK ESRGVNTFLQ PSPNRKASPS LAERRGSLKG SLKLPGLADS 601: NRGTPAFTLH PDDSNDIVFN LEGIRNGDLY PPSDCKGTSV DSDLPEKEII SLISCSKSDR HKSGGDTDSS GQPLACRWPS MEMITKLSRA YLDSESVIAI 701: PLPSDAVGET GSRNLYIWIG KSFSLDNNCS LVDSNKAADT VENVDWVQIG ESILCQMDLP KDTPIKIVRE SEDQTELLAL LSAL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)