AT3G28180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cellulose-synthase-like C4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a gene similar to cellulose synthase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Cellulose-synthase-like C4 (CSLC04); FUNCTIONS IN: cellulose synthase activity, transferase activity, transferring glycosyl groups; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 2 (InterPro:IPR001173); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cellulose-synthase-like C5 (TAIR:AT4G31590.1); Has 5595 Blast hits to 5589 proteins in 1569 species: Archae - 192; Bacteria - 4449; Metazoa - 13; Fungi - 97; Plants - 511; Viruses - 16; Other Eukaryotes - 317 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10506110..10509067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77519.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 673 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPNSVAVTM EKPDNFSLLE INGSDPSSFP DKRKSISPKQ FSWFLLLKAH RLISCLSWLV SSVKKRIAFS AKNINEEEDP KSRGKQMYRF IKACLVISII 101: ALSIEIVAHF KKWNLDLINR PSWEVYGLVE WSYMAWLSFR SDYIAPLVIS LSRFCTVLFL IQSLDRLVLC LGCFWIKFKK IEPKLTEESI DLEDPSSFPM 201: VLIQIPMCNE REVYEQSIGA ASQLDWPKDR ILIQVLDDSD DPNLQLLIKE EVSVWAEKGV NIIYRHRLIR TGYKAGNLKS AMTCDYVKDY EFVTIFDADF 301: TPNPDFLKKT VPHFKGNPEL GLVQARWSFV NKDENLLTRL QNINLCFHFE VEQQVNGVFL NFFGFNGTAG VWRIKALEES GGWLERTTVE DMDIAVRAHL 401: NGWKFIYLND VEVTCELPES YEAYKKQQHR WHSGPMQLFR LCLPSIIKSK ISVWKKANLI FLFFLLRKLI LPFYSFTLFC IILPLTMFIP EAELPLWIIC 501: YVPIFISLLN ILPSPKSFPF LVPYLLFENT MSITKFNAMI SGLFQFGSAY EWVVTKKTGR SSESDLLAFA EKEEKLHRRN SESGLELLSK LKEQETNLVG 601: QETVKKSLGG LMRPKNKKKT NMVFKKELGL AFLLLTAAAR SFLSAHGLHF YFLLFQGLSF LVVGLDLIGE QIS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)