AT2G14580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : basic pathogenesis-related protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
pathogenesis related protein, encodes a basic PR1-like protein. Expresses in flowers, roots, and not in leaves and responses to ethylene and methyl jasmonate. Salicylic acid represses gene expression. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
basic pathogenesis-related protein 1 (PRB1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to ethylene stimulus, response to jasmonic acid stimulus, response to salicylic acid stimulus; LOCATED IN: endomembrane system, extracellular region; EXPRESSED IN: shoot, shoot apex, root, flower, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Allergen V5/Tpx-1 related, conserved site (InterPro:IPR018244), Allergen V5/Tpx-1 related (InterPro:IPR001283), SCP-like extracellular (InterPro:IPR014044); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pathogenesis-related gene 1 (TAIR:AT2G14610.1); Has 3181 Blast hits to 3075 proteins in 384 species: Archae - 0; Bacteria - 66; Metazoa - 1736; Fungi - 341; Plants - 911; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 127 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:6225703..6226188 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17543.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 161 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKVTSYSRIL IILAALVGAL VVPLKAQDSQ QDYVNAHNQA RSQIGVGPMQ WDEGLAAYAR NYANQLKGDC RLVHSRGPYG ENLAKSGGDL SGVAAVNLWV 101: NEKANYNYDT NTCNGVCGHY TQVVWRNSVR LGCAKVRCNN GGTIISCNYD PPGNYANQKP Y |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)