AT1G72160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Sec14p-like phosphatidylinositol transfer family protein; FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: transport; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cellular retinaldehyde-binding/triple function, C-terminal (InterPro:IPR001251), Cellular retinaldehyde-binding/triple function, N-terminal (InterPro:IPR008273), GOLD (InterPro:IPR009038), Phosphatidylinositol transfer protein-like, N-terminal (InterPro:IPR011074); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SEC14 cytosolic factor family protein / phosphoglyceride transfer family protein (TAIR:AT4G09160.1); Has 4473 Blast hits to 3903 proteins in 364 species: Archae - 35; Bacteria - 264; Metazoa - 1504; Fungi - 917; Plants - 883; Viruses - 13; Other Eukaryotes - 857 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27153823..27155609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56107.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 490 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEEPTTTTL VTPEKLPSPS LTPSEVSEST QDALPTETET LEKVTETNPP ETADTTTKPE EETAAEHHPP TVTETETAST EKQEVKDEAS QKEVAEEKKS 101: MIPQNLGSFK EESSKLSDLS NSEKKSLDEL KHLVREALDN HQFTNTPEEV KIWGIPLLED DRSDVVLLKF LRAREFKVKD SFAMLKNTIK WRKEFKIDEL 201: VEEDLVDDLD KVVFMHGHDR EGHPVCYNVY GEFQNKELYN KTFSDEEKRK HFLRTRIQFL ERSIRKLDFS SGGVSTIFQV NDMKNSPGLG KKELRSATKQ 301: AVELLQDNYP EFVFKQAFIN VPWWYLVFYT VIGPFMTPRS KSKLVFAGPS RSAETLFKYI SPEQVPVQYG GLSVDPCDCN PDFSLEDSAS EITVKPGTKQ 401: TVEIIIYEKC ELVWEIRVTG WEVSYKAEFV PEEKDAYTVV IQKPRKMRPS DEPVLTHSFK VNELGKVLLT VDNPTSKKKK LVYRFNVKPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)