AT1G70070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEAD/DEAH box helicase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Allelic to ISE2(increased size exclusion limit of plasmodesmata 2). Mutants maintain dilated plasmodesmata at the embryonic torpedo stage. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 25 (EMB25); FUNCTIONS IN: RNA helicase activity, ATP-dependent helicase activity; INVOLVED IN: posttranscriptional gene silencing, plasmodesmata-mediated intercellular transport, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: stress granule, chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DSH, C-terminal (InterPro:IPR012961), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA helicase, ATP-dependent, SK12/DOB1 protein (TAIR:AT3G46960.1); Has 21396 Blast hits to 12786 proteins in 1473 species: Archae - 1027; Bacteria - 4600; Metazoa - 5457; Fungi - 2724; Plants - 1158; Viruses - 307; Other Eukaryotes - 6123 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26390016..26394148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 132444.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1171 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MNTLPVVSLT ASSSFKFFHF PSLHRSLSHS PNFSFTKSLI LNPNHLSFKS TLNSLSPSQS QLYEEEDDEE EEEEDEDDDD EAADEYDNIS DEIRNSDDDD 0101: DDEETEFSVD LPTESARERV EFRWQRVEKL RSLVRDFGVE MIDIDELISI YDFRIDKFQR LAIEAFLRGS SVVVSAPTSS GKTLIAEAAA VSTVAKGRRL 0201: FYTTPLKALS NQKFREFRET FGDDNVGLLT GDSAINKDAQ IVIMTTEILR NMLYQSVGMA SSGTGLFHVD AIVLDEVHYL SDISRGTVWE EIVIYCPKEV 0301: QLICLSATVA NPDELAGWIG EIHGKTELVT STRRPVPLTW YFSTKHSLLP LLDEKGINVN RKLSLNYLQL SASEARFRDD DDGYRKRRSK KRGGDTSYNN 0401: LVNVTDYPLS KNEINKIRRS QVPQISDTLW HLQGKNMLPA IWFIFNRRGC DAAVQYVENF QLLDDCEKSE VELALKKFRV LYPDAVRESA EKGLLRGIAA 0501: HHAGCLPLWK SFIEELFQRG LVKVVFATET LAAGINMPAR TAVISSLSKK AGNERIELGP NELYQMAGRA GRRGIDEKGY TVLVQTAFEG AEECCKLVFA 0601: GVKPLVSQFT ASYGMVLNLV AGSKVTRKSS GTEAGKVLQA GRSLEEAKKL VEKSFGNYVS SNVTVAAKQE LAEIDNKIEI LSSEISDEAI DKKSRKLLSA 0701: RDYKEITVLK EELREEKRKR AEQRRRMELE RFLALKPLLK GMEEGNLPFI CLEFKDSEGR EQSVPAVYLG HIDSFQGSKL QKMMSLDESF ALNLIEDELA 0801: ADEPGKPNVK PSYYVALGSD NSWYLFTEKW VRTVYRTGFP NIALALGDAL PREIMKNLLD KADMQWDKLA ESELGSLWRL EGSLETWSWS LNVPVLSSLS 0901: DEDEVLHMSE EYDNAAQKYK EQRSKISRLK KKMSRSEGFR EYKKILENAN LTVEKMKRLK ARSRRLINRL EQIEPSGWKD FMRISNVIHE SRALDINTHL 1001: IFPLGETAAA IRGENELWLA MVLRNKALVD LKPPQLAGVC ASLVSEGIKV RPWRDNNYIY EPSDTVVDMV NFLEDQRSSL IKLQEKHEVM IPCCLDVQFS 1101: GMVEAWASGL SWKEMMMECA MDEGDLARLL RRTIDLLAQI PKLPDIDPVL QRSAAAAADI MDRPPISELA G |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)